سید مصطفی در طلوع آفتاب روز پنجشنبه 29 رجب 1278ق در خمین و در محل منزلی که بعدها امام خمینی به دنیا آمد، دیده به جهان گشود، در هشت سالگی پدر را از دست داد. تحصیلات را در خمین و سپس اصفهان و نجف ادامه داد و به درجه اجتهاد نائل آمد. در فاصله سالهای 1312 تا 1320 هجری قمری در خمین مرجع امور دینی مردم بود